Séquençage du génome entier utilisé pour enquêter sur une éclosion de listériose à l’échelle nationale causée par de la charcuterie prête-à-manger, Danemark,

Contexte La listériose est une infection alimentaire grave Les éclosions de listériose sont rares mais souvent difficiles à résoudre En juin, nous avons détecté et étudié une éclosion de listériose au Danemark à l’aide d’entrevues avec des patients et du séquençage du génome entier. WGSMethods Nous avons réalisé des WGS sur des isolats de Listeria monocytogenes. Les isolats provenant d’aliments prêts à consommer et comparés à l’aide d’un polymorphisme mononucléotidique Analyse du SNP Les cas ont présenté L monocytogenes avec ≤ SNPs la souche épidémique isolée en septembre -décembre Par interviews, nous avons établi les antécédents alimentaires et cliniques des patients les installations ont été inspectées et échantillonnées, et nous avons effectué une traçabilité / traçage des chaînes de livraison des aliments. Résultats Au total, les cas ont été identifiés; des décès sont survenus% Un isolat provenant d’un plat de charcuterie épicé de viande de la société A était identique à la souche de la flambée. La moitié des patients ont été infectés alors qu’ils étaient hospitalisés / institutionnalisés; les institutions ont été nourries par l’entreprise A La souche épidémique a été isolée à plusieurs reprises dans d’autres échantillons prélevés au sein de cette entreprise et dans les entreprises de sa chaîne de distribution. Les produits de la société A ont été retrouvés et rappelés de & gt; établissements alimentaires, après quoi l’épidémie a pris finConclusions Rouleau de viande épicée prête à consommer provenant d’une seule installation de production a causé cette éclosion Le produit, servi tranché et froid, est populaire auprès des personnes âgées; le service dans les hôpitaux a probablement contribué au taux élevé de létalité utilisé par WGS pour les isolats de patients et les isolats provenant des inspections de contrôle alimentaire, couplé avec un suivi épidémiologique de routine, a contribué à localiser rapidement la source des infections, prévenir d’autres maladies et décès

Listeria monocytogenes, enquête épidémiologique, maladies d’origine alimentaire, génome bactérien, séquençage nucléotidique à haut débitListeriose est une maladie d’origine alimentaire potentiellement mortelle causée par la bactérie Listeria monocytogenes Ses formes invasives principalement présentes en septicémie, méningite, et infections maternofœtales Personnes âgées, immunodéprimés et enceintes les femmes et leurs fœtus ou nouveau-nés ont un risque accru de listériose invasive; % -% meurent par rapport à la maladie La plupart des cas de listériose apparaissent sporadiquement, mais les foyers sont reconnus Les aliments associés aux foyers comprennent les fromages à pâte molle , les produits de la pêche , les charcuteries et autres types de viande , et produits frais Au Danemark, l’incidence de la listériose a varié entre et par population au cours de la dernière décennie En septembre, un programme amélioré de surveillance de la listériose a été lancé, remplaçant l’électrophorèse en champ pulsé par électrophorèse. séquençage du génome entier en temps réel Typage basé sur WGS des isolats de L monocytogenes humains Des entretiens alimentaires de routine avec des patients suivis depuis mars et le typage des isolats alimentaires basé sur WGS avec comparaison en temps réel des résultats de typage humain ont débuté en juin. Une éclosion de listériose a été détectée et des enquêtes ont été entreprises. Nous présentons ici les résultats et les leçons tirées de l’enquête sur l’éclosion.

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Définitions épidémiologiques et analyse

Nous avons défini un cas de flambée comme une personne ayant une infection invasive confirmée en laboratoire avec L monocytogenes de la souche de l’éclosion au cours de septembre-décembre La souche de l’éclosion était de type multilocus MLST et avec & lt; Le SNL a été défini comme le décès dans les jours suivant le diagnostic de la listériose tel que déterminé par le système d’enregistrement civil danois Un questionnaire normalisé sur la listériose a été utilisé pour obtenir des détails cliniques et d’exposition. notification d’un cas de listériose au Statens Serum Institut SSI, nous avons contacté le médecin traitant pour obtenir des détails cliniques et évaluer si le patient était capable de participer à une interview. Le questionnaire portait sur la consommation d’aliments pour les infections à Listeria, y compris les charcuteries prêtes à consommer Les interviews avec des patients ou des parents proches ont été réalisées par téléphone par des enquêteurs qualifiés Les questionnaires ont été saisis avec le logiciel EpiData wwwepidatadk Nous avons comparé les expositions alimentaires des patients avec celles d’autres patients avec des patients témoins de listériose. au Danemark en en calculant les odds ratios ORs et les intervalles de confiance en% CI en utilisant le logiciel SAS, version SAS Institute, Cary, Caroline du Nord

Trace-back et microbiologie alimentaire

L’Administration vétérinaire et alimentaire danoise a conduit des enquêtes de traçage des filières de distribution des produits de la société A et des autres entreprises alimentaires recevant des produits de la société A, qui ont été inspectées par des fonctionnaires de la DVFA. y compris l’état de l’assainissement, les inspecteurs ont décidé de prélever des échantillons environnementaux sur écouvillon ou des échantillons de produits alimentaires échantillons de g chaque par produit L’analyse bactériologique a été effectuée au laboratoire central de DVFA à Ringsted, Danemark

Prédiction de croissance

Les taux de croissance de L monocytogenes dans le porc épicé ont été estimés à l’aide du logiciel Food Spoilage and Safety Predictor Les estimations de la quantité de sel ajoutée, de la teneur en graisse et des additifs alimentaires possibles dans la viande épicée ont été obtenues. ]

Séquençage du génome entier et analyse

Les isolats de Listeria monocytogenes provenant des patients ont été transmis au SSI par les départements de microbiologie clinique au Danemark, et les isolats de WGS des patients ont été contrôlés chaque semaine pour une surveillance systématique. Les isolats de Listeria monocytogenes provenant des aliments obtenus grâce aux inspections et aux programmes de contrôle ont été séquencés et analysés. SSI en parallèle avec les isolats cliniques Le premier lot d’isolats alimentaires a été reçu en juin L’ADN génomique des cultures de L monocytogenes a été extrait et purifié en utilisant le kit de purification génomique Wizard Promega Les échantillons d’ADN ont été traités selon les instructions Illumina générant des paires Nextera XT. Bibliothèques finales × bp, qui ont été séquencées à l’aide du système Illumina MiSeq Les loci MLST ont été extraits par cartographie aux locus d’EGD-e, et le type de séquence ST a été attribué selon la ressource MLST de l’Institut Pasteur . pipeline interne constitué de BWA-MEM et GATK et présenté dans un arbre de parcimonie maximal L’analyse des génomes de la grappe ST a été réalisée en utilisant un génome spécifique à la grappe, c’est-à-dire que l’isolat de l’éclosion a été assemblé de novo à l’aide de CLC Genomics Workbench.

RÉSULTATS

Chronologie des épidémies

En juin, une éclosion de listériose a été constatée lorsque L monocytogenes isolait le sérotype sérotype B / sérogroupe IIb de sérogroupe IIb chez des patients récemment notifiés, qui étaient classés ST et présentaient une identité complète par analyse SNP. Cinq patients précédemment notifiés avaient été infectés par des isolats appartenant à la même clone de ST la souche de l’épidémie sur une période s’étendant depuis des mois Figure A, et ceux-ci ont également été inclus en tant que patients cas d’épidémie Au cours des mois suivants, le nombre de patients a augmenté à Figure

Figure Vue largeTélécharger la diapositiveA, Nombre total de patients atteints de listériose notifiés au Danemark, août-décembre Les patients inclus dans les cas d’épidémies sont représentés par un fond sombre Les patients sont représentés par le mois où le spécimen clinique a été prélevé Listeria monocytogenes par semaine, de mars à novembre Les semaines indiquées sont celles où les patients ont été inclus dans l’éclosion grâce à l’analyse du séquençage du génome entier. Les points de temps importants sont indiqués par des flèches. La semaine a débuté par lundi, mars et Lundi, novembre Abréviation: ST, type de séquenceFigure Vue largeTélécharger la diapositiveA, Nombre total de patients atteints de listériose notifiés au Danemark, août-décembre Les patients de l’épidémie sont représentés en ombre sombre Les patients sont représentés par le mois où l’échantillon clinique de Listeria monocytogenes a été prélevé. , Les patients traités par Case sont présentés par semaine, mars-novembre Les semaines indiquées sont celles où les patients ont été trouvés pour faire partie de la flambée par l’utilisation de l’analyse de séquençage du génome entier Les points de temps importants sont indiqués par des flèches Dans, semaine a commencé avec lundi, mars et semaine avec lundi, novembre Abréviation: ST, type de séquence L’isolat a été obtenu à partir d’un lot de chair de viande épicée, un produit de charcuterie prêt à consommer, produit par la société A. Le produit a été échantillonné au cours d’une inspection de routine DVFA le Avril, et il a été retiré du marché en mai En raison du retrait, ce lot de viande épicée était peu susceptible d’être la source des infections actuelles; Cependant, nous avons formulé l’hypothèse que les lots produits par la compagnie A ont été la source de l’épidémie. En parallèle, en juillet, des patients ont indiqué que plusieurs patients avaient été infectés nosocomialement, y compris des patients qui avaient consommé des morceaux de viande épicés. les chaînes d’approvisionnement des hôpitaux en question ou des maisons de retraite ont révélé qu’elles avaient toutes été fournies, par l’intermédiaire d’autres fournisseurs, à la société AOn August, la société réinspectée DVFA A Samples pris a entraîné une croissance de L monocytogenes en août En août, la société A a été fermée Figure B Parallèlement, des déclarations publiques et des mises en garde ont été publiées. À ce stade, les patients ont été identifiés; mort à la suite de l’intervention en août, les patients ont continué à apparaître au même rythme pendant – des semaines, puis arrêtés à l’exception des cas tardifs. Figure B De ce dernier, avait consommé du pain de viande épicé acheté avant le rappel et conservé congelé à la maison. les cas n’ont pas été infectés de façon nosocomiale et le mode de transmission est demeuré inconnu. L’éclosion a été déclarée au cours du mois de décembre.

Enquêtes de cas cliniques et épidémiologiques

Au total, l’éclosion comprenait des patients et des patients décédés. L’âge médian des patients était de l’ordre de la fourchette d’années, – ans; étaient des femmes Il n’y avait pas d’infections associées à la grossesse Tous les patients avaient des conditions médicales sous-jacentes, mais les patients décédés présentaient des maladies sous-jacentes plus graves Tableau Les maladies sous-jacentes étaient des cancers solides, des maladies cardiovasculaires et des diabètes de type corticoïdes. Les patients ont été admis à l’hôpital avant l’apparition de la listériose et sont restés dans des établissements de soins de longue durée. Pour les patients, nous avons pu estimer le lieu d’exposition et les patients avaient peut-être été infectés dans les hôpitaux. / foyers de soins de longue durée

Tableau Caractéristiques démographiques et cliniques des patients atteints de listériose associée à une flambée épidémique causée par la viande de charcuterie au Danemark, état vital Caractéristique survécu Décès Non /

Totala% Age Age, plage médiane – – – & lt; y, Non% ≥ y, Non% Sexe Femmes Hommes Maladie cliniqueb Méningite / méningo-encéphalite / Septicémie / Gastro-entérite / Endocardite / Abcès cérébral / Condition sous-jacente Cancer solide / Maladie hématologique / Type de diabète sucré / Mésusage d’alcool / Maladie rénale chronique / Maladie chronique du foie / Maladie auto-immune / rhumatismale / Maladie cardiaque / Maladie pulmonaire / Médicamentsc Chimiothérapie / Radiothérapie / Corticostéroïdes / Immunosuppresseur / Inhibiteurs de la pompe à protons / Symptômesd Fièvre / Vomissements / Diarrhée / Maux de tête / Raideur du cou / Institutionnalisation d avant l’hospitalisation Hospitalisation ambulatoire / Long terme établissement de soins / Lieu d’expositionf Institution hôpital ou établissement de soins de longue durée / Communauté et institution à la fois possible / Communauté / Impossible de classer / Statut vital Caractéristique Survécu Décès Non /

Totala% Age Age, plage médiane – – – & lt; y, Non% ≥ y, Non% Sexe Femmes Hommes Maladie cliniqueb Méningite / méningo-encéphalite / Septicémie / Gastro-entérite / Endocardite / Abcès cérébral / Condition sous-jacente Cancer solide / Maladie hématologique / Type de diabète sucré / Mésusage d’alcool / Maladie rénale chronique / Maladie chronique du foie / Maladie auto-immune / rhumatismale / Maladie cardiaque / Maladie pulmonaire / Médicamentsc Chimiothérapie / Radiothérapie / Corticostéroïdes / Immunosuppresseur / Inhibiteurs de la pompe à protons / Symptômesd Fièvre / Vomissements / Diarrhée / Maux de tête / Raideur du cou / Institutionnalisation d avant l’hospitalisation Hospitalisation ambulatoire / Long terme établissement de soins / Lieu d’expositionf Institution hôpital ou établissement de soins de longue durée / Communauté et institution à la fois possible / Communauté / N’est pas possible de classer / a Le nombre total de répondants varie selon les caractéristiques déclarées, car l’exhaustivité des réponses au questionnaire varie selon les patientsb Pour plusieurs patients, & gt; Par exemple, les patients atteints de méningite ont également eu une septicémie, de sorte que la somme des conditions déclarées dépasse le nombre total de cas. Les médicaments pris pendant les jours précédant la maladie ont été enregistrés. Les symptômes ont été soit auto-déclarés par les patients L’institutionnalisation a été définie comme la résidence dans un établissement de soins de longue durée pendant les jours précédant la maladie et / ou l’hospitalisation en hospitalisation ou ambulatoire et la prise de nourriture pendant l’hospitalisation pendant les jours précédant la maladie Un patient hospitalisé et ambulatoire Pendant la période évaluéef Le lieu d’exposition a été estimé à partir des données des entrevues et des données de traçabilité de la chaîne d’approvisionnement avec les hôpitaux et les établissements. La catégorie «Communauté et établissement possible» a été utilisée lorsque les patients ont été exposés aux produits rappelés. à la maison / dans la communauté et dans les institutions / hôpitauxVoir les histoires de LargeFood Dans une analyse rétrospective, les patients étaient significativement plus susceptibles d’avoir mangé des viandes épicées au cours du mois précédant la maladie [%] que les patients témoins de [%]. ] OU, [% CI, -] En comparaison, la consommation de saumon fumé, un produit alimentaire à risque bien connu, a été consommée par des patients et des patients témoins, [% IC, -]

Trace-back, microbiologie alimentaire et intervention

La société A était une entreprise familiale avec un réseau de distribution national. La gamme de produits comprenait principalement des produits de viande épicés en plus d’autres produits de charcuterie et de charcuterie. L’échantillonnage de la société A en août comprenait des échantillons de produits alimentaires et d’échantillons environnementaux. Huit échantillons provenant de produits alimentaires dont différentes variantes de rouleaux de viande épicés et un échantillon environnemental prélevé sur le drain de sol ont donné des résultats inférieurs à la limite de détection de l’analyse quantitative, c’est-à-dire & lt; unités formant des colonies [UFC] / g, et des échantillons ont donné L monocytogenes en quantités de – CFU / g

Tableau Résultats de l’échantillonnage des produits alimentaires et de l’environnement, analyse de Listeria monocytogenes et séquençage du génome entier en rapport avec une éclosion de listériose causée par la viande de charcuterie au Danemark, Catégorie d’entreprise No Entreprises Entreprises Échantillons environnementaux Échantillons de produits Non Testés Testé L m Souche épidémique Non Testé L m Souche de la flambée Stade b Stade c d e Stade – ~ f Société Catégorie Nombre d’entreprises Entreprises Échantillons environnementaux Produit Échantillons non testés L m Souche dépendant de l’épidémie Non Testé L m Souche Dépendance Non Testée L m b Stade c d e Stade – ~ f Abréviations: Lm, Listeria monocytogenes positive; souche de l’éclosion, positive pour la souche de l’éclosion; ST, séquence type Nombre total d’échantillons de g signalés Le nombre correspondant de lots de produits est indiqué entre parenthèses si possible Chaque fois que possible, des échantillons de g chacun ont été prélevés dans chaque lot de produits. société A Stage – les entreprises / établissements ont reçu les produits de la société A ou plusieurs autres sociétés / établissementsc Dans les entreprises de la phase, des échantillons environnementaux positifs ont été trouvés avec ST et avec STd Y compris des échantillons de déchets tranchés à froid. croissance de L monocytogenes STf Au stade, ou des entreprises, des échantillons environnementaux L monocytogenes-positifs ont été trouvés ST dans les entreprises et ST en entrepriseVoir toute la compagnie A produits alimentaires ont été rappelés Par l’analyse de traçage, il a été constaté que entreprises / établissements d’étape et, à partir de là, à plusieurs milliers Les produits fabriqués sur le même équipement que celui utilisé pour les produits de la société A avant le nettoyage et la désinfection ont été également rappelés en raison de la possibilité de contamination croisée. La société B a été rappelée lorsque la souche épidémique a été détectée dans l’environnement de production voir Molecular Epidemiology ci-dessous. Le rappel a été mis en vigueur jusqu’à – Août Plus que les établissements individuels producteurs, commerçants, magasins, restaurants, cuisines commerciales, etc. DVFA a contacté chaque établissement alimentaire concerné, par téléphone ou par inspection physique. Environ des établissements alimentaires ont été inspectés. Des échantillons provenant des produits et des environnements de production ont été collectés pour analyse pour Listeria, pour un total d’échantillons de Listeria. échantillons de diffe les produits de loyer et les échantillons environnementaux étaient positifs

Prédictions de croissance

La croissance de L monocytogenes dans un rouleau de viande épicé a été examinée à l’aide d’un modèle informatique. La composition du pain de viande épicé peut varier en fonction de la quantité de sel ajouté, de la teneur en matières grasses et des éventuels additifs alimentaires; L’estimation informatisée a montré que la croissance de L monocytogenes dans le rouleau de viande de porc épicé pendant les jours de stockage à ° C peut être substantielle dans un scénario de croissance moins favorable teneur en eau%,% sel, pH, niveaux de contamination augmentés un scénario de croissance la plus favorable teneur en eau%, sel%, pH, L niveaux de monocytogenes augmenté par log

Epidémiologie moléculaire

Les isolats de Listeria monocytogenes des patients avaient soit des isolats de génomes indiscernables, soit un maximum d’isolats ou des SNP isolés du type principal. Aucun des SNP n’a été retrouvé dans la même position et aucun profil temporel n’a été identifié dans l’occurrence des variants SNP. diagnostiqué avec la listériose en novembre avait un isolat avec ST mais SNPs différent du type principal de la flambée, et donc n’a pas été considéré comme un cas dans la flambée épidémique Figure Parmi les isolats environ avec MLST connus de au Danemark, ST a été enregistré pour les patients, tous jugés à partir des données PFGE , pas d’autres isolats de patients de la période – étaient ST

Figure Vue largeDisque de téléchargementMorphisme de parcimonie maximal basé sur des données de séquençage du génome entier montrant des polymorphismes mononucléotidiques SNP dans des isolats de Listeria monocytogenes ST de patients et de sources alimentaires au Danemark, – La taille des nœuds correspond au nombre d’isolats La longueur des branches représente la différence SNP B et compagnie C étaient des établissements de scène, recevant des produits directement de la société A, D et E et F étaient des établissements de stage, et recevaient des produits de la société A par ou plusieurs autres entreprises / établissements alimentaires Abréviation: ST, sequence typeFigure Voir grandTélécharger slideMaximum parcimonie basée sur des données de séquençage du génome entier montrant des polymorphismes mononucléotidiques SNP dans des isolats de Listeria monocytogenes ST provenant de patients et de sources alimentaires au Danemark, – La taille des nœuds correspond au nombre d’isolats Les longueurs de branches représentent la différence SNP Société B et société C étaient des établissements de scène, recevant des produits di Les entreprises D, E et F étaient des établissements de stade et recevaient des produits de la société A par l ‘intermédiaire de plusieurs autres entreprises / établissements alimentaires Abréviation: ST, type de séquenceRésultats de l’ analyse WGS des isolats de L monocytogenes provenant des aliments et des environnements de production montré dans le tableau Tous les isolats obtenus à partir des inspections de la compagnie A en avril et en août se sont révélés être de la souche épidémique. En outre, la souche épidémique a été trouvée dans des entreprises ayant reçu des produits de la société A Ces sociétés ont observé un maximum de SNP par rapport au type principal de la souche de l’éclosion. Un de ces variants SNP a été détecté dans des isolats d’entreprises. Figure B Dans la société B, on a trouvé la souche épidémique et les isolats de L monocytogenes. dans l’environnement de production Dans d’autres entreprises, seuls les types ST et ST non liés à une épidémie ont été trouvés

DISCUSSION

Grâce aux entretiens de routine avec les patients, un indice épidémiologique précoce a été fourni par le nombre élevé de patients qui semblaient être infectés nosocomialement. Cependant, cela aurait probablement été impossible. La disponibilité d’isolats alimentaires et la comparaison directe des données WGS pour les isolats d’aliments et les cas qui ont fourni des preuves suffisantes pour que les autorités alimentaires danoises agissent sur l’ECPP ont fourni des preuves suffisantes pour établir le lien avec les produits alimentaires spécifiques. peut fournir une résolution assez élevée, mais donne une mesure qualitative de la séparation, alors que le pouvoir discriminant élevé de l’analyse WGS est également capable de donner une distance quantitative évolutive entre isolats. Par conséquent, l’analyse WGS a fourni une confiance élevée dans le lien entre les cas et les entreprise alimentaire dans cette épidémie Et parce que les isolats alimentaires ne sont pas précédemment typé, l’isolat critique de l’entreprise A, obtenu des mois avant l’épidémie, ne serait pas systématiquement comparé aux isolats de patients. Le typage à base de SGS est un outil de santé publique de plus en plus utilisé et L monocytogenes est parmi les premiers microorganismes Surveillance du WGS Pour cette épidémie nous avons observé zéro pour les SNPs entre les cas et les isolats alimentaires, indiquant un lien entre les cas et la source de nourriture. Néanmoins, notre compréhension n’est pas encore basée sur de grandes quantités de données empiriques. Des variations peuvent survenir Dans les éclosions de listériose en Australie et au Canada, respectivement, l’analyse SNP basée sur le WGS a révélé que la majorité des isolats de l’éclosion dans les deux éclosions différaient de & lt; SNP; cependant, jusqu’à SNP et SNP, respectivement dans la différence ont été identifiés La diversité des isolats de l’éclosion de L monocytogenes dépendra probablement de la nature de l’épidémie en question; par exemple, les foyers ponctuels peuvent présenter moins de variations que les foyers persistants causés par une contamination persistante des environnements de production alimentaire. Il est également connu que différentes méthodes utilisées pour l’analyse génomique peuvent conduire à des nombres différents de SNP basés sur les mêmes séquences brutes; cependant, une analyse appropriée devrait aboutir à des définitions de grappes similaires. Le véhicule alimentaire, le rouleau de viande épicée en danois, rullepølse, qui se traduit littéralement par “saucisse roulée”, est un produit danois traditionnel dans la tradition du sandwich ouvert. manger du produit de viande de déjeuner servi froid et tranché sur du pain Le rouleau de viande épicée danoise est fait à base de sel salé typiquement porc qui est enroulé autour d’herbes et d’épices et ensuite bouilli dans un bouillon et pressé en forme en refroidissant Inspection des locaux de l’entreprise n’a pas révélé la voie exacte de contamination Cependant, la contamination doit avoir eu lieu après ébullition dans le processus de pressage, découpage et emballage avant la distribution. Comme nos prévisions de croissance l’ont montré, la matrice alimentaire non grasse du pain de viande épicé soutient la croissance de L puits monocytogenes Ceci indique qu’une contamination faible mais répandue de L monocytogenes dans ce produit prêt-à-manger avec une longue durée de conservation peut présenter Ceci est conforme à une évaluation des risques aux États-Unis qui attribuait le pourcentage de cas de listériose à la consommation de charcuterie prête-à-manger contaminée Le pain de viande épicé est populaire parmi L’absence de cas liés à la grossesse peut en partie s’expliquer par ce fait. Le pain de viande épicé de la société A était régulièrement servi dans de nombreux hôpitaux danois et dans des établissements de soins de longue durée, comme en témoignait le enquête de dépistage La mortalité élevée observée dans cette éclosion était probablement attribuable à la transmission efficace de L monocytogenes aux groupes de population vulnérables par l’entremise de ce véhicule alimentaire. Encore une fois, ce n’est pas sans précédent; comme l’a récemment examiné Silk et al , l’infection nosocomiale des patients immunodéprimés par des aliments prêts-à-manger contaminés est bien documentée au niveau international. Au Danemark, un groupe de travail établi après l’épidémie a recommandé que les aliments présentent un risque élevé de L monocytogenes La contamination devrait être identifiée et non desservie dans les hôpitaux Au Canada, des recommandations pour les hôpitaux et les établissements quant aux produits à haut risque à éviter ont également été publiées En conclusion, cette éclosion de décès était parmi les plus graves en Europe ces dernières années , mais a été interrompue à son apogée par une importante rétraction alimentaire coordonnée. L’expérience de cette épidémie montre comment le WGS jouera vraisemblablement un rôle important dans la surveillance et les enquêtes épidémiologiques à l’avenir, et souligne le pouvoir d’effectuer des entretiens de routine avec des patients réels. typage comparatif des isolats de L monocytogenes des aliments et des patients

Remarques

Remerciements Nous remercions les laboratoires danois de microbiologie clinique pour le renvoi rapide d’isolats et le soutien du système de surveillance; les médecins et autres personnels de santé qui fournissent des informations cliniques et organisent des entretiens avec des patients; et Ida Glode Helmuth, Line Nielsen, Annette Hartvig Christiansen, Lisbet Krause Knudsen, Charlotte Kjelsø, Nanna Mucha Munck, et les enquêteurs du Département d’épidémiologie des maladies infectieuses, Statens Serum Institut SSI, pour aider dans les entrevues et la saisie de données En outre, nous remercions Christian Vråby Pedersen Département de microbiologie et de contrôle des infections, SSI pour une excellente expertise technique dans le séquençage du génome entier, et personnel du laboratoire alimentaire de Ringsted et des agences régionales de l’alimentationAssistance financière SSI est financé par le ministère danois de la Santé Cette étude a été soutenue par le programme Horizon de recherche et d’innovation de l’Union européenne par le biais du contrat de subvention COMPARER Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signalé Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels enrouement. contenu du manuscrit ont été divulgués