Effet des tests d’amplification des acides nucléiques sur les taux d’incidence de l’infection à Clostridium difficile d’après la population

Les données provenant d’états menant une surveillance CDI basée sur la population ont montré des augmentations allant de% à% dans l’incidence de CDI attribuables au passage des immunodosages enzymatiques de toxine à la surveillance CDAT NAAT nécessitant un ajustement pour les tests. méthodes

Clostridium difficile, techniques de laboratoire clinique, techniques d’amplification des acides nucléiques, incidence, surveillanceInfection à Clostridium difficile L’ICD est un problème permanent en soins de santé associé à une incidence élevée, à la mortalité et aux coûts de soins de santé. La plupart des laboratoires cliniques ont adopté des méthodes d’analyse plus sensibles, y compris les tests d’amplification des acides nucléiques. tests de TAAN approuvés ciblant les gènes de la toxine C difficile, utilisant soit la réaction en chaîne de la polymérase PCR ou amplification isotherme à médiation par boucle LAMP , qui semblent avoir des performances similaires La sensibilité plus élevée de ces tests a suscité des inquiétudes. des taux plus élevés de CDI, en particulier dans le contexte des rapports publics Plusieurs États-Unis En janvier, les hôpitaux participant au programme de déclaration de la qualité des systèmes de paiement pour patients hospitalisés des Centers for Medicare et Medicaid Services sont tenus de déclarer les événements CDI à l’échelle des établissements via les centres de NHSN Le but de cette analyse est d’estimer l’effet du passage de la toxine EIA à la TAAN sur les taux d’incidence de l’ICD selon la population.

Méthodes

La surveillance du PIE du Programme des infections émergentes est un système de surveillance en population et en laboratoire dans certains comtés des États américains, représentant environ un million de personnes. Des épidémiologistes de surveillance formés étudient tous les rapports de tests de C difficile des laboratoires cliniques, de référence et commerciaux. zones de captage Un cas de CDI est défini comme une toxine positive du C difficile ou un test moléculaire sur un échantillon de selles provenant d’un résident ≥ l’année du bassin de surveillance sans selles positives antérieures au cours des semaines précédentes Les méthodes de la surveillance CDI EIP pendant – ont été évaluées Seuls les cas ont été utilisés pour l’analyse parce que nous avons supposé qu’il n’y avait aucun changement dans les populations desservies par les laboratoires pendant la période d’analyse. EIA à NAAT “laboratoires de commutation” ont été comparés à co Les contrôles ont été utilisés pour ajuster les changements temporels de l’incidence du CDI qui pourraient avoir eu lieu dans chaque zone de chalandise. Pour changer de laboratoire et de laboratoire sans contact dans chaque zone de chalandise, les laboratoires de ntrol ont utilisé les EIA. médianes des ratios du nombre de cas CDI pendant chaque mois consécutif après le passage au TAAN au nombre de cas pendant les mois équivalents avant le changement du TAAN En calculant les ratios des nombres de cas avant et après une date de substitution donnée pour chaque laboratoire, les laboratoires ont comparé Pour contrôler toute variation saisonnière potentielle de l’incidence de l’ICD, des mois équivalents avant et après la comparaison des dates de remplacement Les mois durant lesquels les laboratoires ont changé d’EIA à TAAN n’ont pas été inclus comme changements peut avoir été mis en œuvre après le début du mois Pour améliorer la précision de la e Nous avons exigé que chaque groupe de laboratoires de commutation et de contrôle dans un état donné ait au moins des paires de mois pour que la zone d’attraction soit incluse dans l’analyse. Les ratios médians des laboratoires de commutation et non commutateurs ont été comparés en utilisant un test médian non paramétrique unilatéral. Le pourcentage d’augmentation de l’incidence de l’ICD dans chaque bassin versant attribuable à un changement de TAAN a été calculé comme le ratio médian du laboratoire de commutation / ratio médian de laboratoire sans interrupteur × La proportion de tests de laboratoire qui ont été positifs pendant la mois avant la mise en œuvre du TAAN a été comparé à la proportion positive au cours des mois après la mise en œuvre du TAAN en utilisant un test Mid-P Exact pour les laboratoires avec des informations disponibles Toutes les analyses ont été menées en utilisant la version SAS

RÉSULTATS

Neuf laboratoires de commutation et laboratoires non-switch dans les états Californie, Colorado et Géorgie ont été inclus dans l’analyse. Neuf laboratoires ont passé au test Cepheid Xpert PCR Cepheid, Sunnyvale, Californie et les laboratoires ont passé au test LAMP Meridian illumigene C difficile Meridian Bioscience, Cincinnati, Ohio Pour chacun des états, le rapport médian de laboratoire non-switch était, indiquant aucun changement temporel apparent de l’incidence de CDI dans les bassins versants. Les ratios médians de laboratoire de commutation pour la Californie, le Colorado et la Géorgie étaient% CI, -,% CI, – et% CI, -, correspondant à une augmentation attribuable des cas de CDI due à TAAN de%,%, et%, Tableau La différence entre le ratio médian de laboratoire de commutation et le ratio médian de laboratoire sans interrupteur était statistiquement significative au niveau de signification pour le Colorado et la Géorgie

Ratios du tableau de l’infection à Clostridium difficile mensuel Indice de CDI à Preswitch CDI Compteurs d’état Laboratoires à commutation d’état Laboratoires Nonswitch P Valeur médiane Attribut% Augmentation due au TAAN Nombre de paires de mois Ratio médian% CI Nombre de paires de mois Ratio médian% CI Californie – -% Colorado – -% Géorgie – – & lt; % Laboratoires de commutation d’état Nonswitch Laboratories Test médian P Valeur attribuable% Augmentation due au TAAN Nombre de paires de mois Ratio médian% IC Nombre de paires de mois Ratio médian% CI Californie – -% Colorado – -% Géorgie – – & lt; Les données sont pour les laboratoires qui passent du test immuno-enzymatique EIA aux tests de l’amplification des acides nucléiques par rapport aux laboratoires n’utilisant que des laboratoires de toxines EIA. Chaque paire de mois représente les mois de pré et post-commutation correspondants, octobre à octobre. ratios Par conséquent, le nombre de mois postswitch était égal au nombre de mois de préswitch pour chaque état. Abréviations: IC, intervalle de confiance; Les tests d’amplification des acides nucléiques ont révélé que le nombre d’échantillons de selles testés pour le C difficile a diminué au cours des mois précédant le passage au TAAN et au cours des mois suivants. le commutateur, mais le pourcentage positif est passé de% avant le passage à de% après le commutateur

DISCUSSION

Cette analyse des données de surveillance populationnelle des bassins versants a montré que le passage d’une EIA toxique à une NAAT pour un diagnostic de C difficile augmentait les taux d’incidence CDI de% -% L’absence d’augmentation des CDI dans les laboratoires témoins confirme l’absence d’augmentation temporelle globale en CDI dans les zones sous surveillance, soutenir la conclusion que les augmentations CDI dans les laboratoires de commutation étaient directement liées à l’introduction de méthodes NAAT D’autres études dans les centres de santé individuels ont signalé des augmentations des taux d’incidence CDI de à% après Longtin et al ont rapporté une augmentation de% des diagnostics CDI par PCR comparé aux tests parallèles avec un algorithme -step glutamate déshydrogénase [GDH] antigène toxine EIA suivi d’un test de cytotoxicité de culture cellulaire pour les échantillons GDH / EIA Les effets du passage à des algorithmes multi-étapes impliquant la PCR ont également été rapportés; Goldenberg a rapporté une augmentation% des taux après passage de la toxine EIA à un algorithme -step GDH antigène avec confirmation PCR Ajout d’une PCR reflex à un algorithme -step de la toxine GDH antigène EIA a conduit à une augmentation% des taux dans un autre rapport Nous avons choisi d’examiner l’effet de passer des approches en une étape de la toxine EIA au TAAN, ce qui nous a permis d’agréger les données de plusieurs laboratoires et d’isoler l’effet des méthodes moléculaires sur la détection du C difficile. les établissements utilisant des méthodes de diagnostic plus sensibles pour l’IDC seront pénalisés pour avoir des taux d’IDC plus élevés Pour répondre à cette question, la NHSN recueille des données sur les pratiques d’essai utilisées pour déterminer l’ICD et ajustera ces méthodes dans le calcul des données comparatives. mesures utilisées pour la déclaration À l’avenir, à mesure que de plus en plus de laboratoires adopteront des méthodes d’essai plus sensibles, les différences de détection deviendront moins Nous avons constaté que la proportion de tests sériques positifs a presque doublé de% à% avec le TAAN comparé à la toxine EIA Fong et al ont rapporté que la positivité au laboratoire a plus que doublé après le passage de la toxine EIA au TAAN. % -% Notamment, nous avons constaté que le nombre de selles testées dans les mois suivant la mise en place du TAAN était beaucoup plus faible que durant la période EIA, reflétant probablement l’instauration de politiques de rejet de selles et moins de répétitions avec NAAT. En dépit de l’augmentation des taux attendus avec les tests moléculaires, certains ont suggéré que les taux pourraient chuter avec le temps en raison des avantages potentiels du TAAN pour la prévention des infections la sensibilité des tests pourrait mener à un diagnostic plus précis et à un lancement plus rapide des mesures de contrôle des infections. La sensibilité accrue, qui évite la répétition des tests, peut entraîner une diminution de la durée du séjour, des jours de traitement et d’isolement des CDI et des coûts associés [- Une étude a trouvé moins de complications parmi les cas de CDI détectés par PCR mais pas par un protocole non moléculaire, ce qui pourrait refléter les avantages d’un diagnostic et d’un traitement plus précoce. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre si l’utilisation du TAAN pour le diagnostic d’ICD peut améliorer les résultats pour les patients. Cette analyse était limitée par le nombre de laboratoires EIP qui passaient de l’EIA au NAAT et le nombre de mois pour l’évaluation avant et après le nombre de cas, qui limitait l’analyse aux seuls états Des estimations plus précises d’un Enfin, nous avons utilisé une unité d’analyse mensuelle pour générer des ratios afin d’avoir suffisamment de points de données pour obtenir des valeurs médianes. Nous n’avons pas évalué l’effet d’autres méthodes de test. Une unité d’analyse bimensuelle plus agrégée améliorerait la stabilité des estimations et pourrait être réalisée avec une surveillance continue. En conclusion, sur la base d’une analyse des données de surveillance basées sur la population des états, nous prévoyons passer d’une EIE de toxine à une NAAT. Bien qu’une analyse plus approfondie soit nécessaire pour affiner ces estimations, nos résultats peuvent aider les établissements à anticiper l’augmentation de l’incidence de l’ICD attendue lors du passage au TAAN et contribuer ainsi à la prévention. Du point de vue des rapports publics, la surveillance de l’ICD nécessite un ajustement pour les méthodes d’essai

Remarques

Remerciements Les auteurs remercient les contributeurs suivants: Zintars Beldavs, MS, Oregon Health Authority; Samir Hanna, MD, MS, ministère de la Santé du Tennessee; Gary Hollick, PhD, Université de Rochester; Stacy Holzbauer, DMV, MPH, Centres de contrôle et de prévention des maladies CEFO affecté au ministère de la Santé du Minnesota; Carol Lyons, MPH, Programme des infections émergentes du Connecticut; Erin Phipps, DMV, MPH, Université du Nouveau-Mexique, Nouveau-Mexique Programme des infections émergentes; Lucy Wilson, MD, ScM, Département de la Santé et de l’Hygiène Mentale du MarylandDisclaimer Les conclusions et conclusions de ce rapport sont celles des auteurs et ne représentent pas nécessairement la position officielle des Centers for Disease Control and Prevention Conflits d’intérêts DNG détient des brevets pour traitement de CDI sous licence à ViroPharma; est consultant pour Merck, ViroPharma, GSK, Roche, Novartis, Optimer, Cubist, Cangene, Sanofi Pasteur et Actelion; et détient des subventions de recherche de GOJO Tous les autres auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués