Clostridium difficile dans les aliments et les animaux domestiques: un nouvel agent pathogène d’origine alimentaire

L’infection à Clostridium difficile est de plus en plus reconnue comme une cause de diarrhée chez les patients ambulatoires et les personnes sans contact apparent avec les établissements de santé Contrairement à l’infection au C difficile acquise dans les établissements de santé, on connaît peu de facteurs de risque d’infection. On a émis l’hypothèse que le C difficile était une source possible d’infections associées à la communauté; Des études récentes ont démontré l’isolement du C difficile à partir d’aliments aux États-Unis, au Canada et en Europe et à partir de produits de viande destinés à la consommation par des animaux de compagnie. Cela soulève des questions sur la transmission de ce pathogène par les aliments. l’homme par la consommation de produits contaminés Cette revue résume les données disponibles sur le C difficile chez les animaux et les aliments et discute du potentiel de transmission alimentaire de ce pathogène

Clostridium difficile est une bactérie anaérobie gram-positive qui provoque des maladies chez les humains et les animaux allant de la colonisation asymptomatique à la diarrhée et à la colite. L’infection peut être mortelle Bien que l’infection CDI soit généralement associée à l’exposition aux soins, particulièrement chez les les patients qui ont pris des antibiotiques, le CDI est de plus en plus reconnu comme une cause de diarrhée chez les patients ambulatoires et les personnes sans contact apparent avec la santé Les infections associées à la communauté ont été décrites dans des populations traditionnellement considérées comme à faible risque. exposition aux antibiotiques [,,] D’autres facteurs de risque pour le développement de l’ICD n’ont pas été démontrés, laissant sans réponse la question de savoir comment la transmission se produit dans la communauté. On a émis l’hypothèse d’une source potentielle de C difficile dans la communauté. ou réfuter cette hypothèse est incomplète C difficile est Les études récentes ont isolé le C difficile des aliments vendus au détail destinés à la consommation humaine aux États-Unis , au Canada et en Europe et à partir de produits à base de viande. destinés à la consommation par les animaux de compagnie Ces résultats corroborent les préoccupations concernant l’acquisition alimentaire de ce pathogène par la consommation ou la manipulation de produits contaminés; Cependant, aucune étude publiée n’a documenté la consommation d’un produit alimentaire comme facteur de risque d’ICD Une meilleure compréhension de la relation entre les souches animales et humaines de C difficile permettra d’évaluer le potentiel de transmission alimentaire et le rôle des contacts animaux-humains dans Épidémiologie du C difficile Nous résumons les données disponibles sur le C difficile chez les animaux et les aliments et discutons des lacunes qui doivent être comblées pour clarifier si la transmission alimentaire de ce pathogène pourrait se produire et si oui, si cette voie pourrait être importante dans l’épidémiologie de l’ICD

Considérations de typage de contrainte

Un des facteurs compliquant notre compréhension de l’étendue des souches communes de C difficile entre les animaux et les humains est l’absence d’une nomenclature standard et d’un système de typage couramment utilisés par différents groupes de recherche. Résultats de la réaction en chaîne par polymérase PCR-ribotyping pas directement comparables entre laboratoires et exigent qu’un laboratoire ait des isolats de référence pour la comparaison afin d’attribuer un type normalisé significatif aux laboratoires Analyse de l’endonucléase de restriction REA présente un excellent pouvoir discriminant mais présente des limites similaires au PCR-ribotypage pour les essais interlaboratoires Les résultats de l’électrophorèse en champ pulsé PFGE, couramment utilisé par les laboratoires de référence aux États-Unis et au Canada, sont plus portatifs, mais peuvent avoir une spécificité limitée dans les milieux non touchés Toxinotypage, qui cible les variations de la pathogénicité du C difficile locus, est reproductible et portable entre l aboratoires mais est moins discriminatoire que les autres méthodes et n’est pas souvent utilisé comme méthode autonome Bien qu’il existe généralement une bonne concordance entre les différentes méthodes de typage, les informations sur les souches obtenues avec une méthode de typage peuvent ne pas déduire correctement le type de souche obtenu. méthode Ainsi, une grande partie des données concernant la prévalence des souches de C difficile ne peut être généralisée sans un effort supplémentaire spécifique pour typer une souche donnée par des méthodes multiples, et ainsi de nombreux chercheurs publient en utilisant une nomenclature générée en interne, qui ne peut être généralisée.

C Difficile chez les animaux domestiques

Le C difficile est à la fois un organisme commensal et un agent pathogène chez les animaux domestiques et alimentaires, mais toutes les études n’ont pas comparé les isolats animaux à ceux connus pour causer des maladies humaines. ], des études récentes ont trouvé un chevauchement considérable entre les isolats bovins, équins, porcins, canins et humains Dans toutes ces études, certaines souches semblaient être largement spécifiques d’une espèce, tandis que d’autres étaient présentes chez de nombreuses espèces, y compris les humains. , dans des études de plusieurs pays, certaines souches ont été indiscernables entre humains et autres mammifères , suggérant une source commune, une transmission homme-animal, ou une transmission zoonotique, en particulier, le toxinotype TOX V / PCR ribotype / PFGE type NAP ou NAP / Les souches REA de type BK ont été de plus en plus identifiées comme des souches prédominantes chez les bovins et les porcins aux États-Unis et en Europe et aussi en tant que pathologie importante. Chez les humains Aux Pays-Bas,% -% des humains atteints d’ICD portaient le ribotype , et de février à février l’incidence de l’infection par cette souche a augmenté de plus de deux fois, ce qui en fait le deuxième ribotype le plus commun Dans ce pays Contrairement à la distribution géographique de la souche épidémique actuelle, NAP // BI, qui reflétait la densité de population aux Pays-Bas, la distribution des infections humaines au ribotype était concentrée dans les zones rurales où les porcs sont élevés . Les porcs et les humains aux Pays-Bas étaient indiscernables par le ribotype PCR et par l’analyse de répétition en tandem à nombre variable de multilocus, une approche discriminatoire de typage des souches Aux États-Unis, les infections humaines causées par les souches TOX V / NAP ou NAP / REA également augmenté par rapport aux autres souches et peut être plus fréquent chez les CDI associés aux communautés que chez les CDI associés aux soins de santé De plus, plusieurs isolats NAP / / TOX V provenant d’animaux PFGE La souche épidémique actuelle, NAP // BI, a causé des épidémies de maladies humaines en Amérique du Nord et en Europe depuis près d’une décennie et est une cause L’émergence de NAP // BI en Amérique du Nord correspond à une augmentation de l’incidence et de la gravité des soins de santé CDI Cassociated et peut avoir été largement motivée par l’utilisation d’antibiotiques fluoroquinolones La reconnaissance que CDI associé à la communauté représente une proportion substantielle ~% de tous les CDI en Amérique du Nord sont également survenus au même moment de l’émergence de la souche NAP // BI, suggérant que NAP // BI a affecté l’épidémiologie de la communauté et de la santé CDINAP associé aux soins // BI a été isolé à la fois chez les animaux d’alimentation et les animaux de compagnie Au Canada, le ribotype était le troisième type le plus fréquemment isolé chez les veaux et a été trouvé dans des sites dispersés géographiquement. ibotype a également été isolé un cheval et un chien hospitalisé au Canada, qui a probablement contracté l’infection lors d’une visite dans un établissement de santé ayant connu une éclosion de la même souche Autres types de souches de C difficile connues pour causer la maladie , y compris le ribotype TOX VIII / NAP et ribotype , ont également été isolés chez les animaux [,,] C difficile a également été isolé chez les animaux domestiques, y compris les chats et les chiens, et leur environnement [,,] un pathogène humain et animal établi et il existe un chevauchement considérable entre certaines souches animales et humaines On ne sait pas, cependant, ce que cela implique de l’épidémiologie de l’ICD, en particulier, si et comment la transmission zoonotique se produit Aucune étude n’a démontré l’acquisition d’un C infection causée par le contact avec les animaux, bien que certaines études aient suggéré l’acquisition de C difficile chez les humains Même si la transmission du C difficile des animaux au bourdonnement Ce type de contact peut être une source importante de nouvelles souches de C difficile chez les humains, y compris les souches résistantes aux antibiotiques. La résistance aux antibiotiques, y compris la résistance aux fluoroquinolones, est un trait commun de nombreuses souches de C difficile récemment découvertes chez les humains. des études sont nécessaires pour déterminer le rôle du contact avec les animaux dans la transmission du C difficile à l’homme et vice versa et si la transmission d’un animal à l’autre a lieu, afin de documenter les risques attribuables à ce mode de transmission

C Difficile dans les produits alimentaires au détail

La première étude sur l’isolement du C difficile de la viande vendue au détail pendant plusieurs mois dans les provinces canadiennes a révélé un isolement de C difficile à partir de% de viande vendue au détail, y compris% de boeuf haché et% d’échantillons de veau haché. La prévalence globale du C difficile dans les produits de bœuf au détail canadiens était de%% dans le bœuf haché et le% dans les côtelettes de veau. La prévalence variait selon la saison, la prévalence la plus élevée étant observée en janvier et en février. tous les isolats récupérés étaient toxinogènes, et la plupart étaient liés à des souches associées à l’infection humaine, dont plusieurs étaient TOX III et identifiées comme NAP ou NAP par PFGE Des isolats appartenant à d’autres souches connues pour infecter l’homme ont également été identifiés. , y compris le ribotype / TOX / NAP, isolé chez les bovins, les chiens et les humains , et ribotype / TOX / NAP ou NAP , isolé chez les bovins et les humains Un non-toxique commun Une souche, classée comme PCR ribotype M, qui a également été isolée chez des chiens, a été retrouvée dans des produits de viande vendus au détail dans les deux études [,,] Dans une étude portant sur des produits de viande vendus aux États-Unis, des échantillons de bœuf, de porc et de dinde vendus au détail dans les épiceries de Tucson, en Arizona, pendant des mois Bien que tous les produits aient été achetés dans la même ville, les produits étaient, à l’exception des La plupart des isolats récupérés étaient de type ribotype / TOX V / NAP ou NAP et étaient similaires à ceux obtenus à partir des échantillons de viande et de viande prêts-à-manger. Les isolats restants étaient des ribotypes / TOX III / NAP ou NAP.

Diapositive des résultats d’études démontrant la présence de Clostridium difficile dans les aliments vendus au détailTable Voir grandTarteau de téléchargementRésumé des résultats d’études démontrant la présence de Clostridium difficile dans des aliments vendus au détailDans une autre étude, C difficile a été isolé à partir de% de salades prêtes à manger Les salades dont le C difficile a été isolé provenaient de pays de l’Union européenne et ne provenaient pas de fournisseurs du Royaume-Uni. Tous les isolats de C difficile étaient toxigènes, y compris les isolats de ribotype TOX VIII / NAP, une souche causant le CDI en Europe , et l’isolat ribotype TOX / NAP, commun parmi les isolats cliniques au Royaume-Uni et une souche épidémique antérieure aux États-Unis C difficile a également été isolé des viandes de détail en Europe, mais le taux de contamination semble être plus faible que ce qui a été rapporté aux États-Unis et au Canada [,,] La variation des méthodes de culture pourrait contribuer Il n’existe actuellement aucune donnée publiée traitant des meilleures méthodes de détection du C difficile dans les aliments. Bien que ces études aient utilisé des méthodes de culture variées, chacune comprenait une étape d’enrichissement du bouillon, ce qui rend difficile Cependant, une étude récente sur le bœuf haché et le porc haché vendus au détail au Canada laisse entendre que le fardeau des spores est faible et que le C difficile est détecté de façon plus fiable par des protocoles comprenant une étape d’enrichissement plutôt qu’un ensemencement direct. seul Dans cette étude, une méthode de placage direct a détecté <% d'échantillons contenant du C difficile; les échantillons restants étaient positifs uniquement sur la culture d'enrichissement Parmi les échantillons de viande positifs par placage direct, la charge moyenne des spores / g gammes, - spores / g pour porc et spores / g gamme, - spores / g pour boeuf La dose infectieuse de Ces découvertes suggèrent que le C difficile est relativement commun dans les produits alimentaires de détail provenant de plusieurs pays, mais à faible nombre de spores. Des questions demeurent quant au mécanisme d'introduction du C difficile dans ou sur les aliments Bien que la source de C difficile Le C difficile sur la viande contaminée provient des peaux d'animaux, la source originale étant le contenu intestinal. La contamination interne de la viande pourrait également être possible, car des spores de C difficile ont été trouvées dans le squelette. muscle of horses Ainsi, la contamination par les spores peut être inhérente aux viandes et ne peut être évitée par un traitement soigneux ou une décontamination des surfaces. Mination Une autre source possible de C difficile sur les aliments est la contamination lors de la manipulation humaine, mais il n'y a aucune preuve à l'appui de cette possibilité. Contrairement aux autres contaminants bactériens de la viande, la cuisson pourrait ne pas tuer le C difficile; les spores peuvent survivre dans le boeuf haché malgré une manipulation appropriée et le respect des températures de cuisson recommandées

Conclusion

Les données sur la présence et la prévalence de C difficile dans les produits alimentaires sont disponibles depuis peu et les données épidémiologiques sont limitées pour relier le C difficile présent dans les aliments à la maladie humaine. Cependant, l’épidémiologie de l’infection à C difficile change, y compris une augmentation des incidence et gravité de la maladie, émergence d’une nouvelle souche épidémique ribotype / NAP et augmentation apparente des infections chez les personnes vivant en milieu communautaire Les taux croissants de CDI dans la communauté soulèvent des questions sur l’origine des nouvelles souches humaines, sources d’acquisition de C difficile et facteurs de risque pour le développement de l’infection En plus de causer des maladies humaines, le CDI est reconnu comme une cause de maladie épidémique chez les porcelets , et le C difficile est également commun chez les autres animaux, y compris les bovins et les poulets [, -] Certaines des souches de C difficile les plus couramment identifiées chez les animaux destinés à l’alimentation semblent être en train de devenir des causes de maladie chez les humains, en particulier chez les humains CDI associé à la maladie Bien que le lien entre le transport de C difficile chez les animaux et la maladie chez l’homme n’ait pas été défini de manière adéquate, certains chercheurs ont suggéré que les animaux alimentaires pourraient jouer un rôle important dans l’expansion des clones pathogènes. par la nourriture La présence de C difficile dans les marques nationales de viande vendue au détail et aux États-Unis et au Canada laisse croire que l’exposition aux aliments contaminés par C difficile ne peut être limitée à aucune région géographique ou installation régionale de transformation des animaux d’élevage. des spores dans plusieurs types de produits, ainsi que l’isolement de souches indiscernables provenant d’aliments d’origine animale différente suggèrent que la contamination peut affecter une gamme de produits alimentaires au détail La découverte de spores potentiellement infectieuses d’un pathogène humain important dans les produits alimentaires au détail est provocateur, en particulier parce que la détection de plusieurs types d’aliments au détail de C difficile Les pays et les régions géographiques suggèrent que l’exposition des humains par voie alimentaire peut être fréquente. Si la transmission se produit effectivement entre les animaux et les humains, il sera essentiel de caractériser la dynamique de cette transmission, notamment si la transmission se fait directement entre animaux. De plus en plus, des aliments comme les fruits et légumes ont été reconnus comme vecteurs de la transmission des agents pathogènes en cas de flambée Dans nombre de ces flambées, un environnement contaminé, par exemple le sol ou l’eau d’irrigation, semble responsable pour la livraison de bactéries aux plantes alimentaires Dans certains cas, les pathogènes sont internalisés par la plante pendant la croissance, ce qui limite l’efficacité des mesures de contrôle basées sur l’assainissement ou le lavage C difficile a été isolé des produits une grande variété de sources environnementales, y compris le sol, l’eau de mer et l’eau douce Ainsi, il est possible que les humains et les animaux sont fréquemment exposés à des spores de C difficile provenant de sources multiples. Que, quand et à quelle fréquence cette exposition mène à la maladie est une question critique pour un meilleur contrôle de l’ICD

Futurs besoins de recherche

Un certain nombre de questions importantes doivent être posées pour déterminer si la transmission alimentaire du C difficile est présente et pour déterminer l’impact possible de la contamination par les spores sur la sécurité de l’approvisionnement alimentaire. Par exemple, la dose infectieuse de C difficile pour l’homme est inconnue; si la dose infectieuse était connue, elle pourrait être comparée à la charge microbienne généralement présente sur les aliments contaminés au point de consommation. La dose infectieuse est susceptible de varier selon les facteurs de l’hôte, notamment l’âge, les conditions médicales sous-jacentes et l’exposition aux antibiotiques. les médicaments réduisant l’acidité, et ces facteurs sont susceptibles d’être très différents entre les populations hospitalisées et communautaires. Le C difficile n’est pas considéré comme faisant partie de la flore intestinale humaine normale, mais des études limitées ont démontré la présence de C difficile toxinogène en% – asymptomatique. personnes dans la communauté On ne sait pas si cette découverte représente une infection subclinique, une colonisation ou une transmission transitoire des spores ingérées. On ne sait pas non plus si ou à quelle fréquence le C. difficile est transmis des animaux aux humains, ou vice versa. Les souches communes chez les animaux et les humains reflètent l’exposition à un réservoir environnemental commun. Des études détaillées de typage des souches et des études épidémiologiques conçues pour évaluer le rôle de la transmission d’aliments pendant les flambées de C difficile pourraient aider à déterminer si De plus, des études sont nécessaires pour caractériser les expositions alimentaires et environnementales chez les personnes atteintes d’ICD d’origine communautaire qui n’ont aucune exposition en soins de santé et pour déterminer si les facteurs de risque impliqués influent également sur la transmission dans les établissements de santé. De plus, d’autres travaux sont nécessaires pour comprendre l’effet du chauffage et de la décontamination des surfaces sur les spores de C difficile dans et sur la viande et d’autres produits alimentaires et, si elles sont d’origine alimentaire, la transmission s’avère être un mécanisme, à eva Autres approches possibles pour limiter la transmission par cette voieIl est raisonnable de supposer que le grand public est et a souvent été exposé à un faible nombre de spores de C difficile potentiellement infectieuses Il existe actuellement des preuves épidémiologiques limitées pour étayer ou réfuter l’hypothèse selon laquelle le C difficile est transmis par la voie alimentaire; la présence de C difficile sur les aliments au détail suggère mais ne prouve pas qu’une certaine proportion des infections est acquise de cette façon. L’approvisionnement alimentaire peut ainsi servir de source de nouvelles souches causant des infections humaines; alternativement, la nourriture pourrait être une autre exposition constante et normalement inoffensive Il est très clair que davantage de recherches sont nécessaires pour mieux comprendre la dynamique et les facteurs de risque du développement de l’ICD parmi les personnes dans la communauté, y compris la pertinence et l’importance possible de la transmission alimentaire.

Remerciements

Les auteurs remercient Fred Angulo, Duncan MacCannell, Barbara Mahon et L Clifford McDonald pour leurs commentaires réfléchis sur le manuscrit. Soutien financier Centres de contrôle et de prévention des maladies Conflits d’intérêts potentiels LHG et BL: no conflicts |

Contenant le virus Novel Influenza A HN